Ryby akwariowe chorują tak samo, jak inne zwierzęta domowe. Choroby ryb akwariowych wywołują bardzo różne czynniki. Mogą być efektem niewłaściwej pielęgnacji, ale mogą je wywoływać także bakterie lub wirusy.
Błędy popełniane przez hodowców mogą wywołać choroby ryb akwariowych. Do najczęstszych błędów popełnianych przez hodowców wynikiem, których są choroby ryb akwariowych należy niewłaściwa karma i złe warunki życia w akwarium. Niektóre choroby ryb akwariowych są także skutkiem urazów mechanicznych. W warunkach domowych, czyli w akwariach choroby ryb akwariowych często wywołują także wirusy, bakterie lub pasożyty.
Choroby ryb akwariowych może wywołać zbyt kwaśna woda w akwarium. W kwaśnej wodzie ryby zużywają mniejszą ilość tlenu, mniej jedzą, a czasem wręcz głodują. Choroby ryb akwariowych mogą być także efektem złego żywienia. Zarówno zbyt obfite karmienie, jak i źle dobrany pokarm może spowodować, że nasze rybki pewnego dnia zachorują.
Jedną z chorób ryb akwariowych jest spironukleoza. Spironukleozę wywołują pasożyty o nazwie wiciowce. Każda ryba jest nosicielem tych pasożytów, w prawidłowym warunkach hodowlanych wiciowce pozostają w błonie śluzowej jelit w stanie uśpionym. W wyniku uszkodzeń mechanicznych lub w wyniku złych warunków w akwarium wiciowce przechodzą ze stanu uśpionego w stan aktywny i ryby zaczynają chorować. Jednym z objawów spironukleozy jest mętny kolor ubarwienia rybek i utrata apetytu. Spironukleoza najczęściej atakuje skalary i dyskowce.
Do chorób ryb akwariowych wywoływanych przez bakterie należy mykobakterioza, nazywana rybią gruźlicą. Zakażenie jest przenoszone drogą pokarmową. Mykobakterioza jest chorobą wykrywaną już w stopniu bardzo zaawansowanym, gdyż jej pierwszy etap nie daje praktycznie żadnych objawów u zakażonych rybek. Dlatego trudno ją rozpoznać, a kiedy już to się uda, to w wielu przypadkach jest już za późno na ratunek dla rybek. Choroba ta w ostatnim stadium rozwoju atakuje układ kostny i wewnętrzny rybek. Do rozwoju choroby przyczyniają się złe warunki bytowe w akwarium. Jednym z objawów tej choroby jest gubienie łusek przez rybki. Mykobakteriozę leczy się antybiotykami, rokowania są jednak kiepskie. Jeśli nie uda się wyleczyć chorej rybki, to przed hodowcą stoi trudna, czasem dramatyczna, ale konieczna decyzja: rybki, które przebywały w jednym akwarium z chorą, czeka eutanazja. W przypadku tej choroby zalecana jest szczególna ostrożność ze strony akwarysty, bezpośredni kontakt z chorą rybką może spowodować u niego gruźlicę. Na mykobakteriozę najczęściej chorują ryby z rodziny pielęgnicowatych, karpiowatych, piękniczkowatych i kąsaczowatych.
Podobnie, jak w przypadku ludzkich chorób, także w przypadku chorób ryb akwariowych bardzo ważną rolę odgrywa profilaktyka. Wiele chorób rozwija się w zbyt mocno zarybionych akwariach, czy w akwariach, w których temperatura wody i jej pH jest niewłaściwe. Także niewłaściwa dieta uboga w witaminy i składniki mineralne, przekarmianie rybek może wywołać wiele groźnych dla nich chorób.